Desa Warudu merupakan salah satu Desa dari 12 Desa yang ada diwilayah Kecamatan Kao Utara Kabupaten Halmahera Utara, yang merupakan Desa pemekaran dari Desa Gulo.
Kata Warudu merupakan kata dari Bahasa Tobelo yang artinya Rotan Berduri, dimana sebelum terbentuk satu desa merupakan kawasan Hutan Rotan Yang Berduri.
Desa Warudu pada tahun 2008 resmi menjadi Desa Defenitif dan sebagai Pejabat Kepala Desa pertama adalah Bapak Alexander Baluari dan dilanjutkan oleh Bapak Alfred Nanlohi . Pada tahun 2012 pertama kali diadakan pemilihan langsung Kepala Desa dan dari hasil pemilihan tersebut maka terpilih Bapak Oktoviaus Aler sebagai kepala Desa Warudu 2012-2017.
Sejak tahun 2018 Bapak Yoris Maningello diangkat sebagai Pejabat Kepala Desa Warudu melanjutkan kepemimpinan hingga tahun 2019. Pada tahun 2019 kembali dilaksanakan pemilihan kepala desa untuk yang kedua kalinya dan terpilihlah Bapak Hajai Sawowa sebagai Kepala Desa untuk periode 2019 -2025.
